海南港航控股有限公司，是对海口港集团公司和海南省海运总公司的国有资本权益及马村港岸线资源进行三港重组而组建的，2005年1月24日正式挂牌成立。公司组织机构健全，设立股东会、董事会、监事会、经营层以及13个职能部门和18家二级公司，主要从事港口装卸、仓储、水上客货运输、集装箱运输、外轮理货、船舶修理、商业贸易、旅游、房地产开发、物业管理等多元化业务。公司现有员工3803人，资产总额约89亿元。

公司拥有秀英港区、马村港区、新海港区和洋浦港区，海口新港因海口市政府实施城市化改造全部停止码头生产业务，不再列入公司生产港区。秀英港区俗称海口港，早在宋、元时期已成为琼雷渡海埠头和货物集散地，自古以来素有“琼州门户”之称，1950年9月归属交通部广州港务局海口分局管理。海口港是海南省的交通枢纽和客货集散中心，在我国沿海港口发展战略中被交通部列为全国沿海主要港口和海南省国际集装箱干线港口，属国家一类开放口岸。马村港区已经国家验收，于2005年6月1日起正式对外开放，将建成中心港区。新海港区是专业轮渡港区，承担秀英港客滚码头搬迁重任。洋浦港区是通过港口资源整合，与海南省洋浦开发建设控股有限公司合资经营的港区。

公司及其前身先后开通海口至广州、蛇口、湛江、海安、北海等客船、客滚船航线，目前海口至海安、北海航线正常运行。集装箱航线有海口经香港中转至世界各地的国际班轮，还开通了海口至越南胡志明市、海口至印尼直达国际航线；国内集装箱航线有海口至全国沿海各港口近30条班轮航线。